Isu strategis merupakan permasalahan yang berkaitan dengan fenomena yang belum dapat diselesaikan pada periode 6 (enam) tahun sebelumnya serta memiliki dampak jangka panjang bagi keberlanjutan pelaksanaan pembangunan, sehingga perlu diatasi secara bertahap. Isu strategis dalam pembangunan Desa antara lain :

1. Kualitas pelayanan umum perlu ditingkatkan dalam memberikan pelayanan kepada masyarakat utamanya di bidang pendidikan, kesehatan, kependudukan, prasarana umum, yang bertumpu pada kurangnya alokasi dana dan kualitas aparatur pemerintahan
2. Kompetensi dan daya saing penduduk usia produktif/angkatan kerja perlu ditingkatkan sehingga mampu berkontribusi secara optimal dalam persaingan peluang kerja dan peluang usaha yang ada utamanya berkaitan dengan kesempatan pendidikan yang berkualitas.
3. Pertumbuhan ekonomi yang relatif lambat mengakibatkan sektor riil kurang mampu berkembang dan memberikan pendapatan secara merata kepada segenap masyarakat. Hal ini masih terdapatnya masyarakat Desa Bendoagung yang hidup dibawah garis kemiskinan.
4. Masih banyaknya kerusakan pada sarana jalan-jalan sebagai sarana utama mobilisasi perekonomian, jaringan irigasi, sarana pendidikan, sampai pada kurang berjalannya bentuk-bentuk perekonomian Desa dan juga fasilitas olah raga, serta pelayanan kesehatan masyarakat yang berujung pada kesejahteraan masyarakat itu sendiri.